El CIDES, se constituye como ente autónomo, con personería jurídica, patrimonio propio y derecho a administrarlo; regido por las leyes de la República de Panamá.

Opera a través de una alianza estratégica de carácter internacional conformada por organizaciones académicas, científicas, gubernamentales, no gubernamentales, empresariales y organismos internacionales que trabajan concertadamente a través de toda la cadena de producción, diseminación y utilización del conocimiento, de manera que sirva a los tomadores de decisiones y actores del desarrollo a todos los niveles en el diseño de estrategias, políticas, planes, programas, proyectos y acciones que vinculen simultáneamente los objetivos sociales, económicos y ambientales de los mismos.

El Dr. Rodrigo Tarté Ponce, fue quien lideró el proceso de diseño, organización, implementación y proyección de este importante Centro. Bajo su liderazgo se establecieron los Órganos de Gobierno vigentes y se estableció la estructura funcional.

Bajo la gestión del Dr. Tarté, además, se definieron las áreas estratégicas (biodiversidad y manejo de ecosistemas, agricultura, agua, energía, salud, sociedad y ambiente).